El topónimo parece proceder del sustantivo latino “villa” con sentido de granja, hacienda campestre, etc. más el también sustantivo latino arabizado “Muria” o “Maura”, un repoblador, acaso mozárabe, de los traídos por Fernando I en el siglo XI, por lo que vendría a significar el lugar de la pequeña quinta o granja del repoblador Muria. Lo de la Cueza, es un anexo localizador puesto en el siglo XIX, y con significado de vaguada, cuenca o algo similar.
Entre Villamuera y Riberas, ambas de la Cueza, existió una localidad, actualmente ya despoblada, denominado Villovildo que parece perteneció a la orden de San Juan y que dispusiera de dos iglesias, que advocaban a San Esteban y San Lorenzo.
Asimismo aún en el siglo XIV en Riberas contaba con otra iglesia que estaba dedicada al Salvador; la actual se dedica a Santa María.
De la antigua iglesia de Santa María de Villamuera tan sólo nos queda la puerta de arco de medio punto que hoy en día conforma la parte de la iglesia de Nuestra Señora de las Nieves. Guarda restos Villamuera de un viejo pósito pío o panera comunal y aún a finales del siglo XIX se citaba un coto cerrado con el nombre de Villaverde de Galpejera, acaso un antiguo despoblado. Pasa por el término un tramo de la Cañada Real Leonesa.
Villamuera contaba con 328 habitantes en el primer tercio del siglo XIX, con 284 en 1900, con 244 en 1930, con 307 en 1960 y con 60 en 2005.